验证MRI可重复性的dataset

随着MRI的使用越来越多,MRI数据的再测信度一直受到人们关心。北京师范大学提供了公开的57个19-30岁年轻人的multi-modal MRI dataset供研究,包含 structural MRI (S-MRI), diffusion MRI (D-MRI) and resting-st ……

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公共数据集列表 From Github

Github上收集的各行各业的公开高质量数据集列表。包含:

Agriculture

U.S. Department of Agriculture' ……

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交互式动画解释神经元连接和Hebbian Learning

Neuron+Javascript!很酷的交互式动画,简单却又一目了然地展示了神经元在脑中的正常连接、焦虑时候的连接,以及Hebbian Learning,右下角可选中文。建议去原网站上玩。

Hebbian Learning:神经科学经典理论,Donald Hebb于194 ……

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3D打印神经元模型

耶鲁大学神经生物学系使用3D打印来进行神经元形态的可视化,并将代码和模型放入3DModelDB数据库进行共享。可能可以用于观察单个神经元和神经元连接,也能应用于教学。

下图中:

A. 脊髓投射神经元( Spinal cord projection neu ……

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电镜图片自动转为高质量connectomics图片

高通量电镜可以用来观察神经元和它们之间的突触连接,先算法可以将电镜图片自动转为高质量的connectomics图片。

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resource data

Coursera上的fMRI课程

Coursera上的fMRI课程开课: Principles of fMRI - Part 1,来自Johns Hopkins University,由Martin Lindquist和Tor Wager授课。Part 1的主要内容包括fMRI的简介、数据获取、实验设计和分析。一共4周的学习时 ……

course resource

数据分享平台:The Rodent Brain Workbench

The Rodent Brain Workbench是一个 brain mapping数据的分享平台,包含 anatomical reference atlases、分析工具和交互应用。主要资源是mouse和rat的brain mapping 。目前主要由奥斯陆大学 Neural System ……

resource database

3D游戏EyeWire,边玩边辅助神经科学研究

EyeWire是Sebastian Seung在2012年领导设计的游戏,玩家依据Seung实验室里2D的神经细胞电镜图像,标出神经细胞。并还原这些神经细胞在三维空间里的活动。玩家做出的每一部操作,同时被用来训练机器学习,最终目的是让计算机来自动识别这些细胞。

2012年, ……

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UMCD:基于web的Connectivity Database

5个功能:
1. 分析networks:Allows you to run a quick analysis on any network. After making your specific selections, a results pag ……

database resource

基于web的神经影像可视化网站:Brainbrowser

Brainbrowser是基于web的神经影像可视化网站,由McGill Centre for Integrative Neuroscience制作。

BrainBrowser其实是一个开源JavaScript库,针对neuroimaging开发基于网络的3D可视化工具。可 ……

resource neuroimaging

一图胜千言,Cell解析CRISPR系统

Cell用一张图来解析了CRISPR系统,堪称一图胜千言,可以打印出来贴床头了。

原文地址(可点右上角橙色按钮看全文):SnapSho ……

picture resource

Neuroimaging资源-MRIcroGL

MRIcroGL是显示三维医学图片的软件,利用显卡进行实时交互渲染,处理MRI和DTI数据的好东西,免费并支持全平台。
地址: http://www.mccausland ……

database resource

PubPeer推出各浏览器的PubMed扩展

PubPeer出了可直接在PubMed页面上评论的扩展,支持Firefox, Chrome和Safari。

访问PubMed时,页面上可直接显示哪些论文有PubPeer评论,有几条评论。点击后直接跳到PubPeer网站上看评论。

PubPeer允许任何人 ……

news resource

Pycortex, fMRI的互动式cortical surfaces可视化工具

目前fMRI data的可视化工具存在几个局限:单层volumetric views只能显示一小部分data,views是静态的难以显示cortical surfaces不同部分的联系,而大多使用标准图形库的package没有为volume projections的可视化提供优化,也没有一个互 ……

python data resource database

Kaggle上的EEG data Competition

Kaggle是数据建模和数据分析竞赛平台,在健康和生命科学的数据方面有不少实践,实时积分榜也促使参加者不断改进以试图超越当前的最佳实践。今年,Kaggle在神经科学data方面也有了几个竞赛,如年初的Brain-Computer Interface (BCI) Challenge和最近的Gra ……

data eeg resource kaggle

电镜图片自动转为connectomics图片

高通量电镜可以用来观察神经元和它们之间的突触连接,这篇文章对一系列算法和参数进行评估,开发了一套自动化流程将电镜图片自动转为高质量的connectomics图片。

框架地址: http://i2g.io/

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database resource

新学术搜索引擎Semantic Scholar, by AI2

保罗艾伦投资的人工智能研究所The Allen Institute for Artificial Intelligence(AI2)发布一款新的学术搜索引擎Semantic Scholar。

Semantic Scholar不仅用关键词匹配来搜索,而且结合了自然语言处理和计 ……

ai ai2 news resource database

文献管理软件:可搜索的记忆

Nature比较了8款最流行的文献管理软件,虽然比较指标仍有不足,但也可以大致看出各自的优劣。

对我来说,文献管理软件的搜索功能最为重要,几个关键词可以定位到一篇或几篇文献上。其次是写paper时直接插入参考文献。文献推荐和分享功能用的不多,也许圈子太小,可看和可分享的资源 ……

resource

脸盲的自我检测

大家经常在说我脸盲、你脸盲、他脸盲,但谁是真正的脸盲,脸盲的程度又如何,是略微影响生活,还是连家人都不认识,这些都难以自行判断。有些脸盲症患者甚至没有意识到自己的脸盲。

伦敦大学国王学院的研究人员最近开发了一套脸盲的自测问卷,一共20题,来判断自己是否脸盲、脸盲程度如何,希 ……

resource prosopagnosia

脑statistical maps分享可视化网站--NeuroVault

影像学数据文章通常显示给出部分数据,且无法与其他文章数据进行对比分析,这使得做 meta-analyses and hypothesis-driven studies比较困难。NeuroVault是一个收集和分享人脑 statistical maps的网站/数据库,主要包含 MRI或PET d ……

data database resource

3DModelDB--3D打印神经元模型数据库

3DModelDB是一个耶鲁大学创建的共享神经元3D打印模型的数据库,提供了神经元的可打印模型。目前只有15个模型可打印,由于他们主要做嗅觉,因此主要是嗅球神经元模型。将来也许会更多。

有3D打印机的可以去试一试,可以直观地感受神经元形态。

看上去很酷, ……

fun resource database geek

小鼠大脑蛋白质组的datasets

小鼠大脑蛋白质组绘制的Nature Neuroscience文章的datasets分享。

来源于作者们建立的网站http://www.mousebrainpr ……

data database resource

海马segmentation的protocol和dataset

手动做海马区域 segmentation总是费时费力。SCIENTIFIC DATA上一篇文章共享了手动进行海马segmentation的protocol和dataset

该dataset包含25名健康受试者的海马分区手动标记,和高分辨率MRI data(亚毫米级T1和T2 ……

data resource mri

Bio motion lab里的有趣demo

Bio motion lab是Nikolaus Troje领导的研究视觉感知和认知的实验室,位于加拿大Queen's University。他们网站上的demo非常有意思。

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resource fun motion

用两大公开数据库的数据生产Nature Neuroscience

如何利用Allen Institute Brain Atlas和Human Connectome Project的数据库发Nature Neuroscience?最新的Nature Neuroscience 文章给出了最佳范本。

通过Allen Human Brain At ……

statistics data resource database

Nature Reviews Disease Primers是个好杂志

《自然综述-疾病导论》(Nature Reviews Disease Primers)于今年4月推出,主要刊发导论(Primers)为内容的综述类文章,对疾病和功能紊乱做全面概述。每篇文章还会附有图示形式的总结,称为要览图(PrimeView)。Nature Reviews Disease P ……

resource journal

致力于理解数据的Brain Mapping网站:Golgi

Golgi是一个基于网络的互动型Brain Mapping服务。现在这样的平台很多,例如BrainMaps.org,Allen Institute Brain Atlas,Brain Architecture Knowledge Management System等等。

G ……

data database resource

R包statcheck:自动提取文章中统计数据并计算P值

荷兰 Tilburg University开发了新的R package --“statcheck”,可以提取文章中统计数据并重新计算P值,专门对文章中的统计学数据进行检查。

他们用其检索了1985年到2013年8家不同杂志发表的超过3万篇文章,在使用 ……

data resource statistics

脊椎动物脑数据收集小网站Brain Catalogue

Brain Catalogue(http://braincatalogue.org/)是一个收集和分享脊椎动物脑MRI数据和表面surface数据的小网站。

虽然不像几个大brain mapp ……

data resource fun

NWB推出神经生理学通用数据格式

去年建立的Neurodata Without Borders计划,为了使神经科学数据标准化,以加强可重复性,和扩大研究领域。今年推出了第一个神经生理学通用数据格式,就以这个计划的名字命名,NWB(Neurodata Without Borders )。NWB是为神经科学实验最常用的细胞电生理和 ……

data resource

基因组与大脑:PsychENCODE项目

过去十年的全基因组研究发现,大多数人类复杂疾病具有类似的遗传体系,这些普遍的变异在基因组的调控区富集。

PsychENCODE项目的目标就在于,针对健康和疾病的人类大脑,建立一个公开和整合的基因组、调控、表观基因组、转录组和蛋白质组的数据平台,同时建立神经细胞培养系统。最初 ……

project data resource database

开源注释平台Hypothes.is

12月1日,开源注释平台Hypothes.is宣布与超过40家出版商的合作关系,包括 Wiley, CrossRef, PLOS, Project Jupyter, HighWire和arXiv等。Hypothes.is使用户可以高亮注释或评论同一个网页或PDF文件,而不用离开这个页面。每个用 ……

news resource

免费工具创建强大的MRI数据3D可视化

MRI的研究中,3D图片通常比2D图片更加直观,一些分析包或者软件如SPM、AFNI、MRIcroGL等虽然可以提供3D渲染,但很多实用功能并不足,如cortical and subcortical的activation clusters,或者动态渲染之类的功能。Christopher R. ……

data resource fmri 3d

NeuroLINCS的ALS数据库

2014年,NIH拨款 Cedars-Sinai再生医学研究所理事会, 建立一个新的研究计划LINCS(Library of Integrated Network-based Cellular Signatures),旨在用干细胞技术、建模、组学和计算生物学,研究细胞的Cellular Sig ……

als data resource database

哈佛的免费在线神经科学基础课程

THE FUNDAMENTALS OF NEUROSCIENCE(神经科学基础)是哈佛大学与edX合办的网上课程,包括了神经科学的基础知识,从最基本的离子通道,到神经元活性,到大脑的分区和功能。所有内容完全免费,付费的话会收到edX颁发的证书。而且没有任何需要提前修的科目,只要具有基础的生物和 ……

resource course

Neurosynth的局限性

著名fMRI数据库Neurosynth的作者Tal Yarkoni,在他分析Lieberman and Eisenberger (2015)的dACC PNAS的博客文章中,也指出了Neurosynth ……

data resource understanding

自动识别神经元图像的新算法NIA

仪器公司和软件公司在展示自动分析图片技术的时候,用的总是非常清晰漂亮的图片,这让他们的分析过程显得总是轻松和智能,结果也好看。但我们平时拍出来的照片,多数达不到那样的清晰度,信噪比较低,尤其对于神经细胞的图片,胞体和突起用自动识别总是不让人满意,经常需要手动来画,更别说精确测量它们的长度和宽度 ……

resource

Radboud面部表情数据库

Radboud脸部数据库(Radboud Faces Database)是一个由荷兰Radboud University Nijmegen建立的小型科研用数据库,包含了67个人的8种表情。模型以白人(高加索人)为主,表情分为高兴、生气、悲伤、轻蔑、恶心、中性、害怕和惊讶。

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emotion face resource database

人类连接组项目发布900个对象新数据!

人类连接组项目(Human Connectome Project)放出900个对象的新数据,包括影像、行为学数据,以及新分析数据包等。

这次公开的数据中,包括了行为学/人口统计学信息,970个健康人的3T MRI数据。897个人完成了结构扫描。730个人完成了所有MRI扫描 ……

project data resource database

2015年最好的神经科学blog

brainprotips.com这个网站上选出的2015年最好的神经科学blog。结果完全没有惊喜,都是已经著名了好几年的blog,还不熟悉的同学可以了解和关注一下。

名单有:

……

news resource

斑马鱼脑图谱Z-Brain Atlas

Z-Brain Atlas是哈佛Engert Lab搭建的斑马鱼3D脑图谱平台,包含神经解剖学标签和区域定义坐标空间。

所用的斑马鱼大脑来自于6 dpf(days post fertilization)的Nacre/mitfa mutant,用ERK抗体染色。通过不同的标签 ……

data resource atlas

学术论文文本分析新工具RLetters

RLetters是一个分析学术文章的开源在线工具,利用自然语言处理来对学术论文的进行文本分析。

目前的功能有:计算文章词频(单词或短语),比较两个数据集内的单词用法,图表表示数据集内文章的发表时间,确定单词间的搭配与单词的相关性,计算关注的网络结构,提取参考文献,多种格式输 ……

data datasets resource nlp

Coursera: 医学神经科学

Coursera上的医学神经科学(Medical Neuroscience)课程将于2016年的1月4号开课,由杜克大学副教授Leonard White讲授。

课程针对的水平是研究生一年级,帮助学生理解神经功能的基本原理,包含从细胞信号和可塑性的分子机制,到感觉和运动系统的 ……

resource course

正常人脑影像数据库BRAINS Image Bank

The Brain Images of Normal Subjects (BRAINS) Imagebank是爱丁堡大学主办的一个正常人脑影像数据库,目的是提供不同年龄正常人的大脑结构数据。

这些数据涵盖了一个人完整的临床信息。如果是新生儿,则有怀孕的细节数据,儿童和成人则 ……

data database resource

免费在线版的Neural Algorithm of Artistic Style

去年最轰动的科研论文之一是德国University of Tubingen的A Neural Algorithm of Artistic Style,该算法可以将任意一幅画,转变成你想要的著名画家的艺术风格。例如转成梵高、莫奈的画,甚至是水墨画。

但由于只是一个算法,想要使 ……

picture algorithm fun resource

新统计软件JASP

JASP是一款阿姆斯特丹大学的研究人员正在开发的开源免费统计软件,他们的初衷是想解决几个问题:心理学学生最常用的SPSS太臃肿、图太丑;只有学校能用SPSS,自己买太贵;想用贝叶斯统计,却没有时间学R或python。

因此JASP想做一个能够取代SPSS的统计软件,或者是跟 ……

statistics software data resource

老年人免费课程:Strategies for Successful Ageing

爱尔兰都柏林圣三一大学开设网上免费课程:Strategies for Successful Ageing,如何成功的变老。课程的目的在于指导老年人,如何通过保持良好心态,保持健康身体,以及保持社交活动,通过激发老年人的活动和行为,来提高生活质量。

课程将由圣三一大学著名的学 ……

resource course aging

30人300个静息态fMRI扫描datasets

可重复性是验证科学结论是否可靠的主要指标。静息态fMRI的可重复性一直受到大家的关注,因为不能完全确定,一个人不同时间的状态会不会影响扫描的结果,不同的人会不会有很大的差异。个体内差异和个体间差异决定了可重复性。前段时间介绍过的Russell Poldrack的……

data datasets resource fmri

Coursera上值得推荐的神经科学课程

这几年在网上与人的交流中,我看到过很多对脑科学(神经科学/心理学/认知科学)感兴趣的人。除了一些只是嘴上说说的人,其实有很多是真的感兴趣,读了很多书,甚至经常看看专业的杂志和文章。他们有了很多的知识积累,可以与专业人士谈论较为专业的话题,但交流过程中,往往会发现他们与专业的研究者有所不同。……

resource course

追踪科学影响力的网站Depsy

评价学术影响力的指标之一是引用率。然而,大多数学术文章使用的软件却一直受到忽视,没有标准来评价一款科研软件的影响力,即使它被使用的次数远超一篇文章。

Depsy网站正在尝试追踪研究软件代码的影响力。Depsy创建于2015年11月,致力于评测科学软件的价值。方法之一是通过论 ……

opinion resource software

分子间作用数据库EVEX

通常分子生物学研究里,想找两个分子或多个分子之间有没有相互作用,最常见的做法是直接google,然后看有没有链接的内容里面有提到。这其实是一种文本挖掘的方法,只是相对较慢、效率太低。

EVEX数据库是我最近使用比较多的一个工具。它是EVent EXtraction的缩写,由 ……

database resource

神经生理与行为相匹配的数据平台

神经生理数据已经有很多平台在分享了,然而很少有平台同时提供匹配神经生理数据的行为数据。

BrainLiner共享平台在分享神经生理数据的同时,也分享了时序一致的行为数据,以HDF5为数据格式,在同一时间轴上匹配行为和大脑活动数据,便于研究行为和脑活动之间的关系。例如当被试者 ……

data resource datasets

光遗传学资源汇总 2016.01.31

光遗传学的诞生有十年了。十年的时间,它让神经科学的发展似乎有了些方向。对于它的介绍,我想显得是有点多余。我在这,只想把我整理的光遗传学的资源与大家分享,让更多人能够充分了解和学习该技术。后续还会继续补充,也欢迎大家一起贡献资源。
一、光遗传学网站资源介绍(主要是三 ……

resource optogenetics neuroscience

纪录片推荐:My Beautiful Broken Brain

当提到大卫林奇,不再想到“黑暗、恐怖、诡异”,而是出现“治愈系”、“自我发现”等标签,会是什么样的情形?3月18日,大卫林奇制作的纪录片,“My Beautiful Broken Brain”,将在 ……

resource stroke movie

脑肿瘤患者fMRI dataset

功能磁共振(functional Magnetic Resonance Imaging (fMRI))的应用虽然很广,但目前在临床的应用还是有限。主要原因之一是精度不够。拿脑肿瘤来说,收集和分析fMRI数据有较大的困难,例如肿瘤类型和位置不固定,手术前后的认知功能和行为各有差异,难以避免的数据 ……

data resource fmri

交互式动画解释神经元连接与学习

推荐一个很酷的交互式动画,简单却又一目了然地展示了神经元在脑中的正常连接、焦虑时候的连接,以及Hebbian Learning,右下角可选中文。建议去原网站上玩。

注:Hebbian Learning:神经科学经典理论,Donald Hebb于1949年提出,解释了学习过程 ……

popular resource fun

BigNeuron项目放出第一批数据

结构决定功能。神经元的3D结构对研究其连接、突触输入的整合、激发状态,以及如何进行动态变化有重要的作用。然而,全世界各实验室拍了大量神经元结构的图片,并各有其进行三维重建的算法,却缺乏一个统一的标准,例如如何收集数据、如何确定合适的分辨率、如何确定最有效的分析方法。

Big ……

data datasets resource bigneuron

纪录片:我与大脑的爱情故事

Marian Diamond是加州大学伯克利分校的著名解剖学教授。她在神经解剖学领域有一系列的重要贡献,例如环境对大脑发育的重要作用、经济状况对学习能力有重要影响,男女皮层结构的差异,以及积极思维对免疫系统的影响等等。她也参与了对爱因斯坦大脑的第一批分析。除此之外,她还是一名极具魅力的老师,她 ……

resource movie people

动物实验设计助理EDA

过去的几年里,生物领域发表的文章被挑出大量的错误。尤其在动物实验中,不当的实验设计、错误的统计,都会带来最终结果的缺陷。很多杂志在投稿时已经要求投稿人完成一份内容审核的清单,但在投稿时关心这些显然已经太迟了。

Nature在本周的Toolbox栏目里,推荐了一个可视化动物实 ……

resource service

临床研究样本量计算工具CRESS

临床研究中常需要统计专家的参与。一个好的统计专家直接决定了临床研究的质量,并保证研究在可靠的基础上进行,避免研究过程中甚至结束后才发现实验设计有问题的尴尬。

而对很多初涉及临床研究的人来说,需要的样本量是常常容易被忽略的问题。样本量当然是越多越好,但如果不是那么土豪,时间也 ……

resource clinical

科学家编程,选择Python

编译自:Programming: Pick up Python
作者:Jeffrey M. Perkel

上个月,Adina Howe得到了爱荷华州立大学的一个教职。从职务上看,她是农业与生物工程的助理教授。然而,她的工作并不在温室里,而是在 ……

opinion resource python

招募受试者平台Xperii

学术研究、临床试验里的受试者招募一直是没有效率的事情,目前大多数做法还是校园里贴小广告,或者朋友圈里、社交平台上宣传。招募之后的实验说明和付费等事情,都很琐碎但又不得不做。虽然不是很大众的需求,但如果有一个能够快速找到受试者,并标准化整个流程的程序,对科研人员还是有不少帮助的。

……

resource company

UCLA统计学学习案例

安利一个资源,UCLA: Statistical Consulting Group,包涵R、SAS、SPSS、STAT、Mplus等软件案例学习资料,以及各种统计学方法介绍。

转自微博:

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resource statistics

GRIM测试验证心理学整数量表的数据可靠性

心理学研究的可重复性差,一方面是心理学研究的自身特点所致,一方面也有研究者自己的问题,比如粗心,比如为了发文章伪造数据。最近很多重复研究正在进行,除此之外,也有不少研究直接从数据上进行分析,以下就是一例:

转自微博:

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resource psychology

Neuron的Neuroengineering(神经工程学)合集

神经工程学(neuroengineering)用工程技术研究中枢和周围神经系统的功能并操作其行为,是近几年来神经科学领域比较火的分支之一。

Neuron杂志推出了Neuroengineering合集,汇集了一系列该领域的文章,包括对脑细胞和回路进行探测或操纵的技术进展,数据 ……

resource neuroengineering

电影与记忆

记忆是迷人的,有时候我们想记住,但是却忘了;有时候我们想忘记,又偏偏记得清楚;有时候我们记得没有发生过的事情,有时候对发生过的事情又记得混乱不堪。记忆的题材一直很吸引人,尤其在电影中。无数出事故后失忆的故事自不必说,还有很多关于记忆的有趣或感伤故事。

我们能从电影中学到什么 ……

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