3D打印神经元模型

耶鲁大学神经生物学系使用3D打印来进行神经元形态的可视化,并将代码和模型放入3DModelDB数据库进行共享。可能可以用于观察单个神经元和神经元连接,也能应用于教学。

下图中:

A. 脊髓投射神经元( Spinal cord projection neu ……

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公共数据集列表 From Github

Github上收集的各行各业的公开高质量数据集列表。包含:

Agriculture

U.S. Department of Agriculture' ……

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数据分享平台:The Rodent Brain Workbench

The Rodent Brain Workbench是一个 brain mapping数据的分享平台,包含 anatomical reference atlases、分析工具和交互应用。主要资源是mouse和rat的brain mapping 。目前主要由奥斯陆大学 Neural System ……

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3D游戏EyeWire,边玩边辅助神经科学研究

EyeWire是Sebastian Seung在2012年领导设计的游戏,玩家依据Seung实验室里2D的神经细胞电镜图像,标出神经细胞。并还原这些神经细胞在三维空间里的活动。玩家做出的每一部操作,同时被用来训练机器学习,最终目的是让计算机来自动识别这些细胞。

2012年, ……

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UMCD:基于web的Connectivity Database

5个功能:
1. 分析networks:Allows you to run a quick analysis on any network. After making your specific selections, a results pag ……

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Neuroimaging资源-MRIcroGL

MRIcroGL是显示三维医学图片的软件,利用显卡进行实时交互渲染,处理MRI和DTI数据的好东西,免费并支持全平台。
地址: http://www.mccausland ……

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Pycortex, fMRI的互动式cortical surfaces可视化工具

目前fMRI data的可视化工具存在几个局限:单层volumetric views只能显示一小部分data,views是静态的难以显示cortical surfaces不同部分的联系,而大多使用标准图形库的package没有为volume projections的可视化提供优化,也没有一个互 ……

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电镜图片自动转为connectomics图片

高通量电镜可以用来观察神经元和它们之间的突触连接,这篇文章对一系列算法和参数进行评估,开发了一套自动化流程将电镜图片自动转为高质量的connectomics图片。

框架地址: http://i2g.io/

……

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新学术搜索引擎Semantic Scholar, by AI2

保罗艾伦投资的人工智能研究所The Allen Institute for Artificial Intelligence(AI2)发布一款新的学术搜索引擎Semantic Scholar。

Semantic Scholar不仅用关键词匹配来搜索,而且结合了自然语言处理和计 ……

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脑statistical maps分享可视化网站--NeuroVault

影像学数据文章通常显示给出部分数据,且无法与其他文章数据进行对比分析,这使得做 meta-analyses and hypothesis-driven studies比较困难。NeuroVault是一个收集和分享人脑 statistical maps的网站/数据库,主要包含 MRI或PET d ……

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3DModelDB--3D打印神经元模型数据库

3DModelDB是一个耶鲁大学创建的共享神经元3D打印模型的数据库,提供了神经元的可打印模型。目前只有15个模型可打印,由于他们主要做嗅觉,因此主要是嗅球神经元模型。将来也许会更多。

有3D打印机的可以去试一试,可以直观地感受神经元形态。

看上去很酷, ……

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小鼠大脑蛋白质组绘制

中世纪的时候,地球上有大量未被探索过的地带,人们对此一无所知。今天,大脑同样也有很多未知等待被发现。然而,我们并不需要像中世纪人们那样用脚去测量,而是直接用上了卫星。

connectomes越来越火,transcriptome也有几个大型机构在做,proteome做的人却不 ……

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小鼠大脑蛋白质组的datasets

小鼠大脑蛋白质组绘制的Nature Neuroscience文章的datasets分享。

来源于作者们建立的网站http://www.mousebrainpr ……

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用两大公开数据库的数据生产Nature Neuroscience

如何利用Allen Institute Brain Atlas和Human Connectome Project的数据库发Nature Neuroscience?最新的Nature Neuroscience 文章给出了最佳范本。

通过Allen Human Brain At ……

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致力于理解数据的Brain Mapping网站:Golgi

Golgi是一个基于网络的互动型Brain Mapping服务。现在这样的平台很多,例如BrainMaps.org,Allen Institute Brain Atlas,Brain Architecture Knowledge Management System等等。

G ……

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猩猩脑数据库准备启动

George Washington University的生物人类学研究者,打算把所有已研究的猩猩数据做成数据库,供全世界的研究和教学使用。数据会包括猩猩的行为学和性格测试、脑结构和活性扫描、谱系及一些遗传信息。

他们同时打算与Allen Brain Institute合作 ……

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基因组与大脑:PsychENCODE项目

过去十年的全基因组研究发现,大多数人类复杂疾病具有类似的遗传体系,这些普遍的变异在基因组的调控区富集。

PsychENCODE项目的目标就在于,针对健康和疾病的人类大脑,建立一个公开和整合的基因组、调控、表观基因组、转录组和蛋白质组的数据平台,同时建立神经细胞培养系统。最初 ……

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澳大利亚即将开放神经法律(Neurolaw)数据库

近几十年来,神经科学,尤其是脑部扫描,帮助我们更好的认识到人的大脑如何产生感情、行为、各种能力,和精神状态。这些机制让人们更深刻地理解了,人在什么样的精神状态下,可能产生什么样的行为,这在法律中是非常重要的证据。于是神经科学被法律界逐渐重视。2006-2009年,美国涉及神经科学证据的案件涨了 ……

database law

NeuroLINCS的ALS数据库

2014年,NIH拨款 Cedars-Sinai再生医学研究所理事会, 建立一个新的研究计划LINCS(Library of Integrated Network-based Cellular Signatures),旨在用干细胞技术、建模、组学和计算生物学,研究细胞的Cellular Sig ……

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Radboud面部表情数据库

Radboud脸部数据库(Radboud Faces Database)是一个由荷兰Radboud University Nijmegen建立的小型科研用数据库,包含了67个人的8种表情。模型以白人(高加索人)为主,表情分为高兴、生气、悲伤、轻蔑、恶心、中性、害怕和惊讶。

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人类连接组项目发布900个对象新数据!

人类连接组项目(Human Connectome Project)放出900个对象的新数据,包括影像、行为学数据,以及新分析数据包等。

这次公开的数据中,包括了行为学/人口统计学信息,970个健康人的3T MRI数据。897个人完成了结构扫描。730个人完成了所有MRI扫描 ……

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正常人脑影像数据库BRAINS Image Bank

The Brain Images of Normal Subjects (BRAINS) Imagebank是爱丁堡大学主办的一个正常人脑影像数据库,目的是提供不同年龄正常人的大脑结构数据。

这些数据涵盖了一个人完整的临床信息。如果是新生儿,则有怀孕的细节数据,儿童和成人则 ……

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NeuroMorpho.org的数据分享经验

NeuroMorpho.org是对神经元3D重建的数据库,目的在于更好地理解神经元的空间几何结构。该数据库10年前就已经启动,目前已经保存了超过30000个神经元形态,大概包含了80万个小时的工作量。访问次数也超过20万次,500多万次的数据下载。在数据分享方面,NeuroMorpho.org ……

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分子间作用数据库EVEX

通常分子生物学研究里,想找两个分子或多个分子之间有没有相互作用,最常见的做法是直接google,然后看有没有链接的内容里面有提到。这其实是一种文本挖掘的方法,只是相对较慢、效率太低。

EVEX数据库是我最近使用比较多的一个工具。它是EVent EXtraction的缩写,由 ……

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Sci-hub的故事

欧美出版界的一大问题是,出版商赚得太多,真正的作者得到的太少,而真正需要书或文章的人只有花大价钱,才能看到想看的东西。

这篇文章讲述的是Sci-hub的创始人Alexandra Elbakyan的故事,把她比作了科学领域的罗宾汉,把期刊杂志的高额收费比作了柏林墙。Alexa ……

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