验证MRI可重复性的dataset

随着MRI的使用越来越多,MRI数据的再测信度一直受到人们关心。北京师范大学提供了公开的57个19-30岁年轻人的multi-modal MRI dataset供研究,包含 structural MRI (S-MRI), diffusion MRI (D-MRI) and resting-st ……

data resource

公共数据集列表 From Github

Github上收集的各行各业的公开高质量数据集列表。包含:

Agriculture

U.S. Department of Agriculture' ……

data database resource

电镜图片自动转为高质量connectomics图片

高通量电镜可以用来观察神经元和它们之间的突触连接,先算法可以将电镜图片自动转为高质量的connectomics图片。

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resource data

3D游戏EyeWire,边玩边辅助神经科学研究

EyeWire是Sebastian Seung在2012年领导设计的游戏,玩家依据Seung实验室里2D的神经细胞电镜图像,标出神经细胞。并还原这些神经细胞在三维空间里的活动。玩家做出的每一部操作,同时被用来训练机器学习,最终目的是让计算机来自动识别这些细胞。

2012年, ……

data database resource

connectome指纹

每个人都有自己的指纹,那每个人的神经活性有没有自己区别于他人的特征?耶鲁大学发表在 Nature Neuroscience上的文章,通过fMRI扫描结果挖掘个人的专有connectivity特征,于是每个人都可以有自己的 "functional connectivity profil ……

data news

neuroscince为何需要big data?

虽然neuroscince看起来没有与data science有太多交集,但其实有很多联系:

例如光遗传学,每小时内产生的数据可能就要上TB,如何理解和分析这些数据就很重要。但目前的大多数神经科学数据分析都是用一台电脑跑数据,事实上更需要分布式计算。Apache Spark ……

opinion data

通过twitter数据辅助检测Schizophrenia

用社交网络数据来分析个人行为/疾病的研究越来越多了。通过个人twitter好友数量、发推的时间、发推频率、精神分裂症特征词汇和表情符号,建立 machine learning模型,包含Naive Bayes (NB), artificial neural networks (ANNs), an ……

data news schizophrenia

Pycortex, fMRI的互动式cortical surfaces可视化工具

目前fMRI data的可视化工具存在几个局限:单层volumetric views只能显示一小部分data,views是静态的难以显示cortical surfaces不同部分的联系,而大多使用标准图形库的package没有为volume projections的可视化提供优化,也没有一个互 ……

python data resource database

Kaggle上的EEG data Competition

Kaggle是数据建模和数据分析竞赛平台,在健康和生命科学的数据方面有不少实践,实时积分榜也促使参加者不断改进以试图超越当前的最佳实践。今年,Kaggle在神经科学data方面也有了几个竞赛,如年初的Brain-Computer Interface (BCI) Challenge和最近的Gra ……

data eeg resource kaggle

应对大规模神经科学数据分析的开源工具

Janelia Research Center的Jeremy Freeman对即将迎来的神经科学海量数据处理给出建议。

现有的神经科学监测、分析和处理的方法不够标准、简化和快速适用。Jeremy Freeman从神经科学数据的分布式计算和存储、统计语言选择和可视化与交互方面 ……

data opinion

Github和ipython notebook分享neuroscience data

一篇JNS上的fMRI文章,作者把原始数据、数据分析过程,以及ipython notebook进行的fig生成和展示,都放在了Github上。这也许是未来neuroscience处理和分享数据的方式。

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data fmri

脑statistical maps分享可视化网站--NeuroVault

影像学数据文章通常显示给出部分数据,且无法与其他文章数据进行对比分析,这使得做 meta-analyses and hypothesis-driven studies比较困难。NeuroVault是一个收集和分享人脑 statistical maps的网站/数据库,主要包含 MRI或PET d ……

data database resource

小鼠大脑蛋白质组的datasets

小鼠大脑蛋白质组绘制的Nature Neuroscience文章的datasets分享。

来源于作者们建立的网站http://www.mousebrainpr ……

data database resource

海马segmentation的protocol和dataset

手动做海马区域 segmentation总是费时费力。SCIENTIFIC DATA上一篇文章共享了手动进行海马segmentation的protocol和dataset

该dataset包含25名健康受试者的海马分区手动标记,和高分辨率MRI data(亚毫米级T1和T2 ……

data resource mri

社交媒体正逐渐变为神经科学研究的宝库

Facebook, twitter, 微博, 微信等社交媒体的广泛使用,使研究者可以从中挖掘现代社会中人们的想法。 Trends in Cognitive Sciences的一篇综述探讨了神经科学研究社交媒体的现状和价值。

例如,研究者可以通过一个人在社交媒体上的状态判断他 ……

data social

为什么神经科学需要黑客?

Engineer谈如何通过合作来转化神经科学技术的梦想。

计算机技能尤其是编程,和大规模在线协作,会推动神经科学的发展,如Sebastian Seung团队用来改善brain map识别的在线游戏EyeWire,和开源脑机接口装置OpenBCI。

其实, ……

data opinion

用两大公开数据库的数据生产Nature Neuroscience

如何利用Allen Institute Brain Atlas和Human Connectome Project的数据库发Nature Neuroscience?最新的Nature Neuroscience 文章给出了最佳范本。

通过Allen Human Brain At ……

statistics data resource database

致力于理解数据的Brain Mapping网站:Golgi

Golgi是一个基于网络的互动型Brain Mapping服务。现在这样的平台很多,例如BrainMaps.org,Allen Institute Brain Atlas,Brain Architecture Knowledge Management System等等。

G ……

data database resource

LOL的数据挖掘和人格分析

University of York的研究人员第一次分析了LOL(英雄联盟)的数据和人格之间的关系。他们称挖掘视频游戏数据是研究人的行为和人格研究的领域之一。数据可能反映人的自闭症、反社会或成瘾倾向。

LOL的开发商Riot Games提供了50万个数据点,这些匿名信息包含 ……

data fun game

R包statcheck:自动提取文章中统计数据并计算P值

荷兰 Tilburg University开发了新的R package --“statcheck”,可以提取文章中统计数据并重新计算P值,专门对文章中的统计学数据进行检查。

他们用其检索了1985年到2013年8家不同杂志发表的超过3万篇文章,在使用 ……

data resource statistics

脊椎动物脑数据收集小网站Brain Catalogue

Brain Catalogue(http://braincatalogue.org/)是一个收集和分享脊椎动物脑MRI数据和表面surface数据的小网站。

虽然不像几个大brain mapp ……

data resource fun

NWB推出神经生理学通用数据格式

去年建立的Neurodata Without Borders计划,为了使神经科学数据标准化,以加强可重复性,和扩大研究领域。今年推出了第一个神经生理学通用数据格式,就以这个计划的名字命名,NWB(Neurodata Without Borders )。NWB是为神经科学实验最常用的细胞电生理和 ……

data resource

基因组与大脑:PsychENCODE项目

过去十年的全基因组研究发现,大多数人类复杂疾病具有类似的遗传体系,这些普遍的变异在基因组的调控区富集。

PsychENCODE项目的目标就在于,针对健康和疾病的人类大脑,建立一个公开和整合的基因组、调控、表观基因组、转录组和蛋白质组的数据平台,同时建立神经细胞培养系统。最初 ……

project data resource database

神经科学研究需要计算与数据训练

大数据是一个用到滥的词,但大数据也确实是神经科学即将面对的重要问题之一。如果你仔细留意过这个网站,我经常会介绍数据与神经科学的发展。例如Janelia Research Center的J ……

data opinion

免费工具创建强大的MRI数据3D可视化

MRI的研究中,3D图片通常比2D图片更加直观,一些分析包或者软件如SPM、AFNI、MRIcroGL等虽然可以提供3D渲染,但很多实用功能并不足,如cortical and subcortical的activation clusters,或者动态渲染之类的功能。Christopher R. ……

data resource fmri 3d

NeuroLINCS的ALS数据库

2014年,NIH拨款 Cedars-Sinai再生医学研究所理事会, 建立一个新的研究计划LINCS(Library of Integrated Network-based Cellular Signatures),旨在用干细胞技术、建模、组学和计算生物学,研究细胞的Cellular Sig ……

als data resource database

Neurosynth的局限性

著名fMRI数据库Neurosynth的作者Tal Yarkoni,在他分析Lieberman and Eisenberger (2015)的dACC PNAS的博客文章中,也指出了Neurosynth ……

data resource understanding

人类连接组项目发布900个对象新数据!

人类连接组项目(Human Connectome Project)放出900个对象的新数据,包括影像、行为学数据,以及新分析数据包等。

这次公开的数据中,包括了行为学/人口统计学信息,970个健康人的3T MRI数据。897个人完成了结构扫描。730个人完成了所有MRI扫描 ……

project data resource database

对精神疾病认识的网络调查

精神疾病是一个禁忌话题,尤其在包括中国在内的发展中国家,家里有精神疾病的病人往往会被当成丢面子的事情。因此对精神疾病的匿名网络调查有时候效果更好。

一项收到229个国家的近60万人问卷的网络调查,问了2个问题,一是你是否平时会接触到患精神类疾病的人,包括抑郁症、精神病和成瘾 ……

data news mental

斑马鱼脑图谱Z-Brain Atlas

Z-Brain Atlas是哈佛Engert Lab搭建的斑马鱼3D脑图谱平台,包含神经解剖学标签和区域定义坐标空间。

所用的斑马鱼大脑来自于6 dpf(days post fertilization)的Nacre/mitfa mutant,用ERK抗体染色。通过不同的标签 ……

data resource atlas

谁在害怕数据共享

原始数据共享已经成了未来的重要趋势之一,各行各业都在呼吁数据共享,尤其是学术界。但是大多数人只是在观望,对分享还是不分享没有确定的看法。

而一旦真的需要自己分享的时候,可能很多人是不愿意的。实验中辛辛苦苦取得的数据,有几个人愿意交给别人?文章举了一例,一个素不相识、态度也不 ……

data

学术论文文本分析新工具RLetters

RLetters是一个分析学术文章的开源在线工具,利用自然语言处理来对学术论文的进行文本分析。

目前的功能有:计算文章词频(单词或短语),比较两个数据集内的单词用法,图表表示数据集内文章的发表时间,确定单词间的搭配与单词的相关性,计算关注的网络结构,提取参考文献,多种格式输 ……

data datasets resource nlp

数据科学的行业吸引力

学术界到工业界、转行是永恒的话题。Nature jobs的文章对于博士毕业后打算转行到数据科学的人,有一定的启示作用。

首先博士的提出问题、测试假设、评估解决方案的能力已经得到了有效的训练。这种对问题建立框架的耐心和方法,是MBA训练达不到的效果。而一定水平的计算机能力和沟 ……

data job

正常人脑影像数据库BRAINS Image Bank

The Brain Images of Normal Subjects (BRAINS) Imagebank是爱丁堡大学主办的一个正常人脑影像数据库,目的是提供不同年龄正常人的大脑结构数据。

这些数据涵盖了一个人完整的临床信息。如果是新生儿,则有怀孕的细节数据,儿童和成人则 ……

data database resource

NeuroMorpho.org的数据分享经验

NeuroMorpho.org是对神经元3D重建的数据库,目的在于更好地理解神经元的空间几何结构。该数据库10年前就已经启动,目前已经保存了超过30000个神经元形态,大概包含了80万个小时的工作量。访问次数也超过20万次,500多万次的数据下载。在数据分享方面,NeuroMorpho.org ……

data database opinion

新统计软件JASP

JASP是一款阿姆斯特丹大学的研究人员正在开发的开源免费统计软件,他们的初衷是想解决几个问题:心理学学生最常用的SPSS太臃肿、图太丑;只有学校能用SPSS,自己买太贵;想用贝叶斯统计,却没有时间学R或python。

因此JASP想做一个能够取代SPSS的统计软件,或者是跟 ……

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30人300个静息态fMRI扫描datasets

可重复性是验证科学结论是否可靠的主要指标。静息态fMRI的可重复性一直受到大家的关注,因为不能完全确定,一个人不同时间的状态会不会影响扫描的结果,不同的人会不会有很大的差异。个体内差异和个体间差异决定了可重复性。前段时间介绍过的Russell Poldrack的……

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加拿大蒙特利尔神经研究所开放数据

随着开放科学(open-science)的盛行,很多杂志和机构都开始追求数据的开放,但开放多少内容还是不得而知。尤其在技术方面,对专利的追求阻止了很多数据和结果的公开。

加拿大蒙特利尔神经逻辑研究所(Montreal Neuro logical Institute,MNI) ……

data news

NEJM文章表示对数据共享的鄙视

与加拿大蒙特利尔神经逻辑研究所(Montreal Neuro logical Institute,MNI)决定开放数据形成鲜明对比的是,新英格兰医学杂志(The New England Journal of Medicine,NEJM)的文章引起了众怒。

这篇名为……

data opinion

神经生理与行为相匹配的数据平台

神经生理数据已经有很多平台在分享了,然而很少有平台同时提供匹配神经生理数据的行为数据。

BrainLiner共享平台在分享神经生理数据的同时,也分享了时序一致的行为数据,以HDF5为数据格式,在同一时间轴上匹配行为和大脑活动数据,便于研究行为和脑活动之间的关系。例如当被试者 ……

data resource datasets

NEJM的“科研寄生虫”论引起的大讨论

上周NEJM的“科研寄生虫”文章Data Sharing果不其然遭到学术界的一致鄙视,Twitter上一片口诛笔伐,有人注册了ResearchParasi ……

data opinion

脑肿瘤患者fMRI dataset

功能磁共振(functional Magnetic Resonance Imaging (fMRI))的应用虽然很广,但目前在临床的应用还是有限。主要原因之一是精度不够。拿脑肿瘤来说,收集和分析fMRI数据有较大的困难,例如肿瘤类型和位置不固定,手术前后的认知功能和行为各有差异,难以避免的数据 ……

data resource fmri

BigNeuron项目放出第一批数据

结构决定功能。神经元的3D结构对研究其连接、突触输入的整合、激发状态,以及如何进行动态变化有重要的作用。然而,全世界各实验室拍了大量神经元结构的图片,并各有其进行三维重建的算法,却缺乏一个统一的标准,例如如何收集数据、如何确定合适的分辨率、如何确定最有效的分析方法。

Big ……

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美国统计学会发布P值使用原则

P值是科研领域神奇的数值,无数人为之欢喜或悲伤,无数方法在试图将其变得越小越好。

只关注P值为科研带来了不少困扰。在有些领域,P值成为了门槛。这种偏见导致了抽屉问题(file-drawer effect),统计结果显著的文章更容易出版,而可能同样重要的非显著结果则锁在抽屉里 ……

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DeepMind与NHS合作对抗眼部疾病

Google的人工智能公司DeepMind通过前段时间的AlphaGo围棋赛名声大噪,随后他们又涉足医疗领域,希望用深度学习来解决一些医学问题。

今天,DeepMind 宣布与NHS(英国国家医疗服务体系)合作,与伦敦东部的Moorfields眼科医院一起,建立一个机器学习 ……

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