BigNeuron项目放出第一批数据


周不润, NeuroTimes   |   Feb. 10, 2016


Credits: BigNeuron


结构决定功能。神经元的3D结构对研究其连接、突触输入的整合、激发状态,以及如何进行动态变化有重要的作用。然而,全世界各实验室拍了大量神经元结构的图片,并各有其进行三维重建的算法,却缺乏一个统一的标准,例如如何收集数据、如何确定合适的分辨率、如何确定最有效的分析方法。

BigNeuron开始于2015年,是Allen Institute组织的一个大型项目,旨在用集体的力量来解决脑科学的挑战之一:单神经元的3D结构重建。该项目将会对方法进行标准化,以产生高质量和连续性的数据,并动员全球研究社区对这个复杂而有趣的算法问题产生兴趣。BigNeuron项目将在开放平台上,对多个开源的神经元重建算法进行测试,测试使用的大规模图片数据也来自于不同光学显微镜得到的3D神经元影像。

近期,BigNeuron项目放出了第一批数据:2000张果蝇的神经元图片。数据的主要来源是台湾的FlyCircuit数据库,格式从原始的Zeiss显微镜的LSM格式,转为了更统一的8位Vaa3D格式。数据包的体积为131MB,使用时只需解压缩就可以得到2000个文件。

要想使用这些数据,必须先去同意BigNeuron项目的使用条款并取得许可。由于第一批datasets相对比较稀疏,大部分图片区域是黑色,在神经突起部分也有大量空白,因此BigNeuron建议使用数据时,最好先进行Gaussian filter或anisotropic diffusion filter处理。




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