分子间作用数据库EVEX


NeuroTimes | Jan. 16, 2016



通常分子生物学研究里,想找两个分子或多个分子之间有没有相互作用,最常见的做法是直接google,然后看有没有链接的内容里面有提到。这其实是一种文本挖掘的方法,只是相对较慢、效率太低。

EVEX数据库是我最近使用比较多的一个工具。它是EVent EXtraction的缩写,由芬兰图尔库大学(University of Turku)办的一个分子生物学数据库。它从PubMed摘要和全文数据库中,提取出了4000多万个生物分子事件,并从这些生化事件中提取基因和蛋白质的名称,呈现不同基因和不同蛋白相互作用的情况。

这些事件包括磷酸化、转录、定位、结合、蛋白质分解代谢、基因表达、NDA甲基化、泛素化等等。例如,输入一个分子的名称并搜索,会出现这个分子调控了哪些基因或蛋白,又受哪些基因或蛋白调控,与哪些基因或蛋白结合,又有多少coregulators等等。输入逗号分隔的两个分子,又会出现两个分子间是否有结合,是否互相调控,有哪些共同调控或共同结合的蛋白等等。这些结果都是通过文本挖掘得到的,比自己在google上搜效率高得多。

此外,EVEX数据库中,基因和蛋白的命名都进行了规范化,能保证大多数名称都能找到准确的基因或蛋白,并包含广泛和准确的结果。CyEVEX插件还可以实现不同基因与蛋白的相互作用可视化网络。

地址:http://www.evexdb.org




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