用两大公开数据库的数据生产Nature Neuroscience


NeuroTimes | Nov. 17, 2015


Credits: Nature Neuroscience


如何利用Allen Institute Brain Atlas和Human Connectome Project的数据库发Nature Neuroscience?最新的Nature Neuroscience 文章给出了最佳范本。

通过Allen Human Brain Atlas里,6个人脑、各132个脑区的基因表达数据,以及对其 differential stability( the tendency for a gene to exhibit reproducible differential expression relationships across brain structures)的分析,研究人员发现20000多个基因的表达只存在32种表达模式(expression patterns),远低于初始的想象。而利用Human Connectome Project中的静息态fMRI数据,发现这些基因表达模式与connectivity存在着相关性。

整个文章利用的都是公开数据,大量的合作单位与作者,看起来是将来文章的重要趋势之一。或者,wet lab与dry lab的结合,例如从公开数据中提出新的问题,通过wet lab下的实验加以验证。

对这种方式感兴趣的人很值得好好精读甚至重新做一下这篇文章。

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